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平菇菌种分母种、原种和栽培种。通常也称一级种、二级种、三级种，其培育方法各异，其技术要点如下：
一母种培养培养母种是指用组织分离或孢子分离得到的菌种。母种培养基的制备通常用土豆洋菜培养基。配制1000毫升培养基，用土豆200克，琼脂（洋菜）18-20克，葡萄糖20克。
做法：先将土豆洗净去皮，切成蚕豆粒小块，放1000毫升水中煮沸30分钟，用6-8层沙布过滤，补足损失水分。将琼脂加入溶化后，加进溶解的糖，补充水分至1000毫升。以后分装试管，每管装量1/5-1/4，并加棉塞、包纸，在1.2公斤压力下灭菌30分钟， 趁热摆成斜面。冷却后置于25-27℃条件下观察无杂菌即可接种，一支母种可转管25-30支。 在无菌操作下接种的试管置于25℃左右恒温条件下培养，半个月左右菌丝可长满试管。培养过程中应注意除掉杂菌污染的试管。培养好的母种移入冰箱，在4℃条件下保存半年，或室温下保存三个月。
二原种培养原种培养原料可用木屑（锯末）或棉籽皮。木屑培养基配方：木屑78%，麦麸或米糠20％，糖1％，石膏1％（生、熟石膏均可，但要磨成粉方可应用）。棉籽皮培养基配方：用100 斤棉籽皮加土豆浸出汁水3％，(3 斤土豆切成泥煮沸 30分钟的滤液)，糖0.1％，硫酸镁0.1％（按水量的千分之一）。
做法：培养料加水拌合均匀，培养料的湿度以用手紧握料，指缝内见水珠，而滴不下来为宜，一般料水比 1:1.2-1.3（即100斤料加水120-130斤）。然后装瓶，装瓶方法是边装边将瓶轻轻地抖动，使瓶上下部紧密适中，装至瓶肩部将料压平，洗净瓶口内外的培养料，加棉塞包纸捆好放进高压消毒锅内进行灭菌，在1.5 公斤压力下灭菌一小时。冷却后，在无菌操作条件下接种。将试管种母种接入瓶中，一支母种可接4-5瓶原种， 接种后置于25℃恒温条件下培养一个月左右菌丝可长满瓶，即为原种。
三栽培种培养栽培种的制备实际上就是原种进行一次扩大繁殖。栽培种木屑培养基的配方同原种培养的配方，棉籽皮培养基的配方也同原种培养的配方。装瓶后灭菌，在无菌条件下，把原种菌种接入栽培种瓶内，一瓶 750 毫升原种可接80-100瓶栽培后。接种后置于25℃恒温条件下培育一个月左右，长满瓶后即可播种。在培养原种和栽培种时，接种后每隔2-3天要检查一次， 直至菌丝长满料面后每周检查一次，拣出有杂菌污染的菌种，并远离培养室处理掉。
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